jueves, 4 de julio de 2013

Historia genética de los grandes simios

mapa de la distribución de Gran simios
Poblaciones de grandes simios consideradas en el estudio
Javier Prado-MartinezPeter H. Sudmant, Jeffrey M. Kidd, Heng Li, Joanna L. Kelley, Belen Lorente-Galdos, Krishna R. Veeramah, August E. Woerner, Timothy D. O’Connor, Gabriel Santpere, Alexander Cagan, Christoph Theunert, Ferran Casals, Hafid Laayouni, Kasper Munch, Asger Hobolth, Anders E. Halager, Maika Malig, Jessica Hernandez-RodriguezIrene Hernando-Herraez, Kay Prüfer, Marc Pybus, Laurel Johnstone, Michael LachmannCan Alkan, Dorina Twigg, Natalia Petit, Carl Baker, Fereydoun Hormozdiari, Marcos Fernandez-Callejo, Marc Dabad, Michael L. WilsonLaurie Stevison, Cristina CamprubíTiago Carvalho, Aurora Ruiz-Herrera, Laura Vives, Marta Mele, Teresa Abello, Ivanela Kondova, Ronald E. Bontrop, Anne Pusey, Felix Lankester, John A. Kiyang, Richard A. Bergl, Elizabeth Lonsdorf, Simon Myers, Mario Ventura, Pascal Gagneux, David ComasHans Siegismund, Julie Blanc, Lidia Agueda-Calpena, Marta Gut, Lucinda Fulton, Sarah A. Tishkoff, James C. Mullikin, Richard K. Wilson, Ivo G. Gut, Mary Katherine Gonder, Oliver A. Ryder, Beatrice H. Hahn, Arcadi Navarro, Joshua M. Akey, Jaume Bertranpetit, David ReichThomas Mailund, Mikkel H. Schierup, Christina Hvilsom, Aida M. Andrés, Jeffrey D. WallCarlos D. Bustamante, Michael F. Hammer, Evan E. Eichler y Tomas Marques-Bonet han analiuzado el genoma de 79 individuos silvestres y nacidos en cautividad que representan las seis especies de grandes simios y siete subespecies (todas las existentes con excepción del Gorila de Montaña).

Inferido historia de la población.
Historia inferida de las poblaciones de grandes simios.
 Ne: Tamaño efectivo de la población, tras el último evento de división.
Marrón oscuro: tiempos de  separación.
Marrón claro: tiempos de divergencia.
En la parte inferior, función de divergencia (d).
En la parte superior, millones de años. El tiempo se calcula utilizando una única tasa de mutación ( μ ) de 1  ×  10 -9 mut  pb -1  año -1 . 
El tamaño efectivo de la población ancestral y actual también se estiman utilizando la tasa de mutación. Los resultados de varios métodos utilizados para estimar N e (COALHMM, ILS COALHMM, PSMC y ABC) son de color naranja, púrpura, azul y verde, respectivamente. 
Los tiempos de separación de los chimpancés se calculan utilizando el método ABC. 
En el eje x se reajustan las divergencias mayores de 2 ×  10 -3 para proporcionar más resolución en las últimas separaciones.
Según los resultados:
  • Los chimpancés comunes se dividen solo en dos grupos distintos (frente a la tradsicional divísión en cuatro grupos):
    • Oeste, Nigeria y Camerún.
    • Central y Oriental.
  • La endogamia es ampliamente practicada en casi todas las poblaciones salvajes, y sobre todo por los gorilas orientales.
  • Los tamaños de las poblaciones han variado radicalmente con el tiempo y esto parece tener un efecto profundo en la diversidad genética.
  • Algunos científicos han planteado la hipótesis de que las diferencias entre seres humanos y chimpancés se deben a las partes "perdidas" de los genomas humanos en comparación con los genomas de chimpancé. Pero el nuevo estudio refuta esta teoría, mostrando que las partes perdidas fueron en su mayoría no funcionales. La tasa de pérdida de genes no ha sido diferente en la rama humana en comparación con otros sectores internos de la filogenia de los grandes simios.
  • La historia genética de los chimpancés resultó ser mucho más compleja que la de los seres humanos. Las poblaciones humanas sufrieron un cuello de botella cuando salieron de África, y se han ampliado desde entonces para colonizar el planeta entero. Por el contrario, las poblaciones de chimpancés han sido objeto de al menos dos o tres cuellos de botella y expansiones.